吉林医药学院档案室成立于2004年7月，为科级建制。室内设有库房、阅档室和办公室。现有工作人员3人。用房面积86平方米。配有服务器一台，计算机两台，空调一台，温湿度计一台，打印机三台，扫描仪两台，多功能一体机（电话、传真、打印、复印、扫描）一台，数码相机一台，放像机一台，复印机三台，刻录机一台，碎纸机一台，防磁柜一台，录音笔一个等专用设备。

室藏档案包括党群、行政、教学、科研、基建、仪器设备、产品生产与科技开发、出版、外事、财会和人事等11大类，档案种类齐全完整。

我院实行部门立卷归档制度，全校现有立卷点22个，兼职档案员25个，形成了以档案室为中心的档案工作网络。档案数量多、利用率高的单位建立了档案室，配备了专人、专室、专柜管理，定期向档案室移交档案。

档案室档案已全部实现了计算机管理以及网上归档，建立了档案目录数据库及全文数据库，在校园网上建立了“吉林医药学院档案室”网站，极大的方便了档案的归档及提供利用等工作。